לפי המבקר, אם יעלה על הגשר כלי רכב שגובהו חורג ממה שנקבע, ובאותה העת יקבל מטוס נוסעים אישור נחיתה מכיוון הגשר, ייווצר במקום תרחיש מסוכן, שעלול להסתיים באסון. המבקר קורא למחדל הזה חוסר תיאום,וקובע כי "הליכי התכנון והתיאום בין רכבת ישראל, רשות שדות התעופה ומינהל התעופה היו לקויים ". בכך מאשר המבקר את ממצאי מעריב, שחשף לראשונה, באוגוסט 2002, את המחדל. אז נודע למעריב כי פקחים ממגדל הפיקוח צלצלו בדחיפות למינהל התעופה, ומסרו שאינם יכולים להנחית מטוסים באחד המסלולים כיוון שעגורן באתר בניית הגשר חוסם את גישת המטוסים. מנכ"ל הרכבת הורה אז להפסיק מיד את עבודת העגורן ולסלקו.לאחר שהמנוף סולק מהמקום התברר שגובה הגשר יחרוג מהמותר.לאור זאת הורה מינהל התעופה לעצור מיידית את המשך הבנייה.מנכ"ל רש"ת מסר אז לשר התחבורה, שהרכבת בונה את הגשר בלי שהתוכניות הועברו לרשות, אך המבקר קובע כי הנהלת הרכבת יידעה את הרשות על בניית הגשר כבר בשנת 2000. המבקר קובע גם כי הנחיות מינהל התעופה האזרחית היו מבלבלות ולא עקביות, כאשר פעם דרש להנמיך את הגשר ב-1.7 מטר , אחר כך ביטל את ההנחיה, ואז דרש לשנות את נתיב הכביש המוליך לגשר - וגם הנחיה זו בוטלה. לבסוף קובע המבקר, חד משמעית, כי אסור היה למשרד התחבורה להורות על המשך עבודות בניית הגשר, כאשר גובהו חורג מהמותר בתמ"א, מעשה המסכן את בטיחות הטיסה בנתב"ג. מעריב