ההתנגדות התקבלה: תחנת הרכבת מכפר-חב"ד לא תועבר
בשנת 2000 החליטה הממשלה לאמץ תוכנית של "אגרת גודש" בערים הגדולות תל אביב, חיפה וירושלים. לפי התוכנית נבחרה הכניסה לתל אביב מכביש 1 למיזם המתבסס על סלילת נתיב מהיר של 13 ק"מ בין מחלף לוד למחלף קיבוץ גלויות, ועל הקמת חניון גדול במחלף שפירים כבסיס ליציאת הסעות ציבוריות ללא תשלום. בתוכנית שהוגשו למתחם כלל הקמת תחנת רכבת במתחם החדש.
ועד כפר-חב"ד בראשות ר' בנימין ליפשיץ ביקש לעיין בתוכניות העבודה והביע התנגדות להעתקת תחנת הרכבת מכפר-חב"ד. להשאיר את שתי התחנות במקביל לא בא בחשבון בגלל קירבתם אחת לשנייה (פחות מקילומטר). בסיוע שר התחבורה דאז מאיר שיטרית קיבלה הוועדה המחוזית את התנגדות המועצה האיזורית וועד כפר-חב"ד להעתקת תחנת הרכבת מכפר-חב"ד.
התנגדות זו התקבלה בוועדה המחוזית ולכן לעת עתה לא תוקם תחנת רכבת במתחם החדש.
חברת שפיר המבצעת את הפרוייקט ניהלה מו"מ להסיר את ההתנגדות של כפר-חב"ד להקמת תחנת רכבת והציעה חלופה: שאטל שיסותבב ברחובות כפר-חב"ד ויסיע אנשים לעבר תחנת הרכבת החדשה המרוחקת שתוקם מספר דקות מהכפר (ושמשם יוצאים אוטובוסים חינם לערים הגדולות) - אך לאחר שהחברה לא יכלה להתחייב לזמן בלי מוגבל, העניין לא יצא לפועל.
יצויין, כי מבדיקת רכבת ישראל עולה כי אין הצדקה להשארת תחנת רכבת בכפר חב"ד, אך למרות זאת ההתנגדות התקבלה, ולא תוקם נכון לעכשיו תחנת רכבת במתחם החדש.