בתקופה בה היה יצחק רפאל שר הדתות מטעם המפד"ל בין השנים תשל"ד–תשל"ז, הוא הפלה את בנות מוסד חב"ד במרכז הארץ לרעה בתקציבים, מול תלמידות האולפנות והסמינרים הממלכתיים דתיים אחרים. מנהל המוסד, חסיד חב"ד, הגיש נגדו תביעה משפטית בדרישה שינמק את הסיבה לאפליה זו.

בתשובתו לבית-המשפט, נימק השר רפאל את הסיבה לכך שהאבחנה אינה על רקע מוסדות, כלומר מסגרות הלימודים, אלא על רקע אישי. שכן, בת שעשתה שירות לאומי זכאית לתקצוב גבוה יותר כפי שמקובל באשר ליוצאי צבא, לעומת בנות חב"ד שאינן עושות שירות לאומי.

במהלך המשפט ביקש מנהל המוסד את רשות הדיבור, והגיב לטיעון הנ"ל באומרו, כי המונח "שירות לאומי" אינו מוגדר, ומקובל לייחס אותו לעבודות לטובת הציבור. אולם משמעותו האמיתית היא, שירות לטובת כלל העם, האומה.

"אין כמו בנות חב"ד", הוא טען, "התורמות לכלל האומה, במובן הרחב ביותר של המושג", כאשר הוא מפרט את פעילותן ותרומתן הענפה של בנות חב"ד לטובת היהדות והעם היהודי במשך כל חייהן, כך שבנות חב"ד בהחלט עושות "שירות לאומי", אך במובן רחב ואמיתי הרבה יותר מן המונח הצר המקובל, ואין להפלותן.

בית-המשפט אכן קיבל אז את הטיעון הזה, והורה לשר להשוות את התקצוב.

בשלב מסוים, אחד מעסקני חב"ד אז, שאינו נמנה על ידידיו של מנהל המוסד, כתב לרבי כי הנ"ל הצהיר קבל עם ועדה שבנות חב"ד עושות שירות לאומי...

בעקבות מכתב זה, הרב חודקוב ע"ה התקשר אל הנ"ל ודרש ממנו הבהרות. זה האחרון צחק וסיפר לרב חודקוב את המעשה שהיה. הרבי קיבל את הדברים, אך הורה להנ"ל להוציא מן התיק המשפטי של הפרוטוקולים את הפרוטוקול הזה שבו נאמרו הדברים.

ביצוע הוראה זו היה לא קל, משום שהתיק שמור בבית-המשפט ואין גישה אליו. אולם כחסיד נאמן, מצא "דרך-לא-דרך" לבצע את הוראת הרבי, והפרוטוקול אכן נשלף מן התיק ואף נשלח לרבי.

"איך שלא נפרש את הדברים", אמר רב חב"די בשיחה ל-COL, "רואים מכך שהרבי לא רצה שיהיה פרוטוקול רשמי מן הדיון שבו נאמרו הדברים, שהרוצה לסלף יוכל לסלף ולהציגם כאילו חב"ד מצהירה על כך שבנותיה עושות שירות לאומי. זאת, למרות שמדובר בדיון סגור ובמסמך שלאיש אין גישה אליו, ובדברים שנאמרו בכיוון הפוך ובמגמה הפוכה".