את ספריו כתב במרץ רב, למרות צרות רבות שאפפוהו. מתוך ההקדמות לספריו ניתן ללמוד על המצוקה הכלכלית הקשה בה היה שרוי, על פטירת רעייתו ללא עת, רציחת ילדו הצעיר, הפרעות ואימי המלחמה שהטרידו את הרב נאה, בעת שביקש לכתוב את ספריו החשובים, המהווים כיום אבן יסוד לכל לומד הלכה.

לעת כזאת, 52 שנה אחרי, כאשר התותחים רועמים, עלינו ללמוד מהרב נאה, שלמרות הפרעות ואימי המלחמה, המשיך לשקוד ימים ולילות בלימוד התורה וכתיבת ספריו -

בהקדמה לחלק השישי של סדרת "קצות השולחן" (ביאורים על שולחן ערוך אדמו"ר הזקן) שיצא לאור בשנת תרצ"ט מספר על הפרעות בשנים האחרונות בארץ הקודש, שהטרידו את מנוחתו:

"זה קרוב לשלוש שנים שהמהומות בארץ הקודש, והטבח וההרג הנורא מגיעים עד דכדוכה של נפש מוצצים לשד הכח והמוח, ופעמים רבות הוכרחני להפסיק באמצע הלימוד והכתיבה מפני קול היריות בלי הרף שרעשו בסביבותנו, והפחדים והזוועות היה נורא ואיום".

עשר שנים לאחר מכן, הוציא לאור את קונטרס השולחן. בקונטרס זה מביא תיקונים והגהות בשולחן ערוך אדמו"ר הזקן.

את הקונטרס כתב בקיץ תש"ח – ימי מלחמת השחרור. בסיום המבוא, כותב הרב נאה על התלאות שאפפו אותו בזמן הקצר שהקדיש לכתיבת חיבורו החשוב:

"התיקונים האלה סידרתי אותם בהחפזי, בקיץ המר הזה, בשבתנו שבועות שלמים בתוך מקלטים מפחד אויב אשר שם מצור על עיר הקודש ירושלים ת"ו, לירות במסתרים תם, והרעיש יום ולילה בלי הפוגות את עיר הקודש מתותחיו, ואמרו ערו ערו עד היסוד בה, לולא ד' שהיה לנו, בגנותו על העיר הזאת, והוא ינקום לעינינו נקמת דם עבדיו השפוך".