לאחר חיפושים נרחבים שנערכו במרחב בנימין, אותרה בצהרי השבת גופתו של הנער בנימין אחימאיר בן ה-14 מחוות מלאכי השלום, שהוכרז בערב שבת כנעדר, לאחר שעדר הצאן אותו רעה שבת מהמרעה בלעדיו.

הכתב לענייני צבא ובטחון של גלי צה”ל דורון קדוש, פירסם כי גופתו של הנער אותרה באמצעות רחפן של יחידת האיסוף 636 באזור החווה שממנה יצא לרעות את הצאן.

איש ‘עכשיו 14’, הלל ביטון רוזן פירסם כי מתחקור ראשוני – נראה שהנער נרצח כבר בערב שבת בשעות הבוקר בידי שניים או שלושה מחבלים באמצעות אבנים וחפצים כהים. באזור בו אותרה הגופה נמצאו גם חפצים אישיים של הנער. כוחות הביטחון פתחו במהלך חקירתי נרחב כדי לשים את היד על המחבלים. ההערכות הן שהמחבלים הגיעו מאחד הכפרים באיזור.

במקביל, בצה״ל נערכים להתפרעויות והפרות סדר נרחבות של ערבים ושל יהודים בכל רחבי יהודה ושומרון בעקבות רצח הנער.

מפקד אוגדת איו״ש, תא״ל יקי דולף, קיים הערכת מצב עם מפקדי החטיבות, פורסים כוחות ביישובים ובצמתים המרכזיים כדי להימנע מאירועי הסלמה בשטח. במקביל, מפקד האוגדה שוחח עם ראשי מועצות וגורמי הנהגה באזור, במטרה לרסן כוונות לפעולות נקם על רצח הנער. במערכת הביטחון פועלים להרגיע את השטח ואומרים: ״כל פעולה של יהודים בשטח ובצירים מסיטה כוחות וקשב מהמצוד אחר המחבלים״.

ראש הממשלה בנימין נתניהו אמר: ״הרצח המתועב של הנער בנימין אחימאיר הי״ד הוא פשע חמור. אני שולח תנחומים מעומק הלב למשפחתו. כוחות צה״ל ושב״כ נמצאים במרדף נרחב אחר הרוצחים הבזויים וכל מי ששיתף עמם פעולה. אנחנו נגיע אל הרוצחים וסייעניהם כפי שאנחנו עושים עם כל מי שפוגע באזרחי מדינת ישראל. צה״ל, שב״כ ומשטרת ישראל מחוז ש״י מבצעים פעילות מבצעית ומודיעינית עצימה בכל המרחב ובכפרים הפלסטינים. אני קורא לכל אזרחי ישראל לאפשר לכוחות הביטחון לעשות את עבודתם באין מפריע, כדי שנוכל לבוא חשבון עם הרוצחים המתועבים וסייעניהם במהרה.״

יו״ר מפלגת ישראל ביתנו, ח״כ אביגדור ליברמן, כתב: ״פיגוע אכזרי. בנימין אחימאיר ז״ל, רועה צאן בן 14, יצא לרעות באזור בנימין ונרצח על ידי מחבלים מתועבים רק בגלל היותו יהודי. הרצח המזעזע של בנימין, הוא רצח נפשע ומתועב שאי אפשר להשלים איתו, ואני מחזק את כוחות הביטחון שכרגע נמצאים במצוד אחר הרוצחים השפלים. אני משתתף בצער המשפחה והחברים. יהי זכרו ברוך.״

יו”ר המחנה הממלכתי, השר בני גנץ, גינה את הרצח של הנער בנימין אחימאיר, ומסר תנחומים למשפחתו. “כוחות הביטחון ירדפו את הרוצח ואת כל מי שסייע למעשה הטרור הנפשע”, אמר גנץ. “אני קורא לכולם לאפשר לצה”ל ולכל הכוחות לבצע את משימתם. אסור לקחת את החוק לידיים. נרדוף את המרצחים, נתפוס אותם, ונמשיך להיות חזקים ונחושים יותר מכל טרוריסט שפל”.