בי' בכסלו תש"ב ביצעו הנאצים ימ"ש סלקציה והובילו את רוב היהודים לבית הכנסת בריגא. לאחר מכן העלו את בית הכנסת באש, עם כל הנמצאים בתוכו, כשספרי תורה בידיהם.

בקבוצה זו נרצחו גם החסידים: הרה"ח הרב אליהו חיים אלטהויז מהחסידים המקורבים והמקושרים ביותר לאדמו"ר הריי"צ, הרה"ח הרב יצחק הורביץ - המכונה איצ'ה דער מתמיד, ששימש כשד"ר של רבותינו נשיאינו, הרה"ח הרב הלל הורביץ ראש ישיבת תומכי תמימים בעיר גוסטיני, הרה"ח הרב יחזקאל פייגין מנהל רשת ישיבות תומכי תמימים, ומזכירו האישי של אדמו"ר הריי"צ, הרה"ח הרב רפאל כהן רב החסידים בריגא, הרה"ח הרב זלמן יצחק וושונוק, והרה"ח הרב ישעיהו חנוך ברכהן, מנהל ישיבת תומכי תמימים ורבה של העיר גוסטני.

על תיאור רגע פטירתם מסופר: הנאצים העמידו יהודים רבים על מנת שיחזו במראה שריפת בית הכנסת עם היהודים הנמצאים בתוכו. בתוך בית הכנסת נאספו כל גדולי החסידים, והחסיד הרב יצחק גורביץ', הוציא את הספר תורה מארון הקודש ואמר: "אנו זוכים לקיים מצות מסירות נפש על קידוש השם ועלינו להיות בשמחה" - ופרץ בריקוד יחד עם הרב יחזקאל פייגין. 

בתוך כך הבעירו הנאצים את בית הכנסת ויצאה נשמתם של כל השוהים בתוכו.

בשנת תש"ה, כשהגיע מכתב עם תיאור פטירתם אל אדמו"ר הריי"צ - התעלף הרבי מרוב צערו, ובתקופה זו הורע מאוד מצבו הבריאותי.