הרב יוצא בתוקף נגד סירוב פקודה: "אין לסרב פקודה. סירוב כזה הינו בגדר של פיקוח נפש. שאלו אותי חיילים רבים מה עליהם לעשות, והשבתי כי עדיף שיהודים מאמינים יעברו בין הבתים ויעשו זאת בבכי, בדמעות ובלב נשבר, מאשר שיבואו כל מיני רשעים ויחלצו את המתיישבים מבתיהם בשמחה ויזרקו אותם בגסות אל הרכבים. אסור להגיע למצב שיהודי אחד ירים יד על יהודי אחר".

התבטאות מפתיעה לא פחות של הרב עוסקת בנושא הטעון של חסימת הכבישים. "אני מתנגד לחסימת כבישים ולעימותים עם שוטרים", הוא קובע, "חובה עלינו למחות, אבל צריך לשמור על כללים של תורה ודרך ארץ. מה יועילו כל הצווחות והקטטות בצמתים כשיהודי אחד מכה יהודי שני? בתורתנו כתוב 'הוכח תוכיח את עמיתך', ורבותינו מבארים שיש להוכיח באהבה ובלשון רכה. באו לביתי כמה פעילים וביקשו את הסכמתי לחסימת כבישים. אמרתי להם: יהודי נוסע לפני השקיעה במהירות, בכדי למול את בנו. בן הולך לבקר את אביו בבית הרפואה. מתפלל מבקש להספיק את תפילת מנחה. אמבולנס מבקש להסיע חולה לבית החולים. מהו ההיתר שקיים לעכב את אותם אנשים מלהגיע אל מחוז חפצם?"

הוא מוסיף: "אם ישנם צעירים המבקשים לסגור את תלמודם ולצאת לרחובות כדי להתעמת עם שוטרים, כשבסופו של דבר הם יושלכו לכלא, אני מבקש מהם לפעול בנשק היעיל ביותר שעזר לבני ישראל שהיו שרויים בצרה במשך כל הדורות: תורה, תורה ושוב תורה". היזהרו מהרשעים שמבקשים להכתים את כל ציבור המתיישיבם ומנצלים התבטאויות של רפי דעת ואמונה בכדי לעשות חוכא ואיטלולא מכל המחנה היקר והקדוש של אוהבי ארץ ישראל".

הרב אליהו נשאל בראיון האם ירצה להיפגש עם ראש הממשלה, אריאל שרון. "אין לי בעיה ללכת לשרון", הוא משיב, "להיפך. הייתי יושב ומבקש משרון שלא לעשות נתק בין אב לבנו, בין אם לבתה ובין אחים. החשש שלי הוא שהדוברים מסביב לשרון יתנו את המשמעות שלהם לביקור כזה, והם מסוגלים עוד להפוך את הקערה על פיה ולשים בפי דברים שלא אמרתי". ערוץ 7: דברי הרב מרדכי אליהו סולפו בנו של הרב מרדכי אליהו, הרב שמואל, אומר כי דבריו של אביו סולפו "אם חייל נשלח לבצע משימה כזאת ואין לו דרך להתחמק. יעמוד ברפיון ידים ויאמר: "אין לי כוח! אין לי יכולת", פוסק הרב מרדכי אליהו. בתוכנית "מתכוננים לגאולה" ששודרה הבוקר בערוץ 7, הציג רבה של צפת, הרב שמואל אליהו את דעת אביו הרב מרדכי אליהו: "קודם כל צריכים להאמין בקב"ה שאוהב את עמו ולא יתן להתנתקות להתרחש וצריך להתפלל ולזעוק אל ה´ בכל כח". לשאלה מה יעשו החיילים בזמן ההתנתקות אמר הרב אליהו: "יאמרו אנחנו לא מסוגלים ולא יכולים, לא יכולים להרים יד להכות מתיישבים ולשבור בתים. לא יכולים לתת יד לחזק רוצחים". הרב שמואל אליהו הוסיף "בצורה מאוד ברורה- המרים יד על חברו נקרא רשע, המרים יד על מתנחל נקרא רשע ומרושע והרב מאמין שלא נגיע לזה. הכל מתנפץ לנו בפנים ושום דבר לא מצליח להם. כל כך הרבה רשעים הלכו נגד הקב"ה ולא הצליחו, גם אנשים מעם ישראל שיילכו נגד ה´ לא יצליחו. לא ניתן למלחמת אחים להתרחש, אבל אסור גם לוותר".