בכ"ו בתמוז תש"א כבשו הגרמנים את ליובאוויטש ואסרו קבוצה של יהודים בתואנה שהם מובלים לעבודה, אך כולם נורו למוות.

חודש אחרי הכיבוש הודיעו הנאצים כי כל היהודים חייבים לשאת טלאי צהוב, וכעבור זמן הוחלף הטלאי בסרט צהוב ונוספו גזירות חדשות כמו איסור על ביקור במקומות ציבוריים ומגע עם האוכלוסייה המקומית. באותה תקופה נרצחו יהודים רבים ברחובות העיירה אחרי שעברו התעללויות קשות.

בשבת שובה, ו' בתשרי תש"ב, נצטוו כל הנותרים להתייצב בכיכר המרכזית של העיירה ומותר היה לקחת את החפצים האישיים בלבד. עם הגיעם לכיכר נלקחו מהם בכוח חפציהם האישיים, 17 מהיהודים נאסרו והוצאו להורג, והיתר הועברו לגטו תחת משמר של שוטרים מקומיים ואנשי פלוגת אס.אס שהגיעה מרודניה.

"גטו ליובאוויטש" כלל רחוב אחד בלבד, וב-‏19 בתים שבו נדחסו כ-‏500 יהודים בני המקום ופליטים ממקומות אחרים. בגטו לא היתה אספקה סדירה של מזון וחומרי הסקה. והתושבים נלקחו לעבודות כפייה שכללו תיקון ואחזקת דרכים, גשרים וכיוצא באלו.

בי"ד בחשון תש"ב חוסל הגטו. אנשי האס.אס. בסיוע שוטרים מקומיים, צרו על הגטו. היהודים גורשו מבתיהם לכנסיה וממנה נלקחו בקבוצות ונרצחו בירי בתעלה לא רחוק מהעיירה. סך כל הנרצחים 483 יהודים רובם תושבי ליובאוויטש. בתקופה שנחרבה החצר נחרב גם האוהל הק' של כ"ק אדמו"ר הצמח צדק נ"ע, וכ"ק אדמו"ר המהר"ש נ"ע. גם בית המדרש המחובר לאוהל הק' נחרב והנכרים גנבו את כתלי הגדר.

כשהרוסים החלו להדוף את הנאצים נערכו קרבות עזים בתוככי העיירה ורובה נחרבה, ומצבות אדמו"ר הצמח צדק ואדמו"ר המהר"ש ניזוקו ונפלו. עקב הדיכוי הקומוניסטי לא היה שייך לשפץ את המקום, ורק בשנת תשכ"ו הגיע למקום הרב אבא דוד גורביץ, תיקן את המצבות והקים סביבן גדר.

האפשרות הראשונה שהיתה לאחדים מאנ"ש לבוא לליובאוויטש, היתה בשנת תשכ"ו. לצורך זה נסע הרב דוד גורביץ, מסמרקנד הרחוקה אל ליובאוויטש, והקים שם את מצבות אדמו"ר הצמח צדק ואדמו"ר מוהר"ש ההרוסות.