סביב יום הירצחו של ר' דובער הי"ד, בנו האמצעי של רבי לוי יצחק נ"ע, ואחיו של הרבי, ישנם גרסאות שונות, אך במשך עשרות שנים הדעה הרווחת היא כי הרבי קבע את יום כ"ה אלול ליום היארצייט של ר' דובער הי"ד שנרצח על ידי הנאצים ימ"ש בבית רפואה שבעיירה איגרען ליד העיר דנייפרופרובסק, והוא בן 38.

באותה תקופה כבש הצבא הנאצי את העיר והוציא להורג את כל החולים המאושפזים בבית הרפואה. במיוחד התעללו בחולים היהודיים, שעונו קשות בטרם הוצאו להורג באכזריות. הנרצחים נקברו בקבר אחים בחצר בית הרפואה בתוך בור ענק. בשנת תשנ"ג מצאו את קבר האחים, וכעבור שנה לערך הוקמה מצבה על קבר האחים. בשנת תשס"ח הוקמה מצבה חדשה על קברו.

בלוח של שנת תש"ז בו רשם הרבי את תאריכי היארצייט ממשפחתו - שככל הנראה בירר אז אצל אמו הרבנית חנה שניאורסון- רשם ליד כ"ד תשרי "בערל", וליד כ"ה אלול רשם עוד שם אך בצילום הכתי"ק נקרע חלק זה. כעבור שנים, בשיחת כ"ד תשרי תש"נ נשא הרבי שיחה ובה ביאור על המשניות שאומרים ביום היארצייט, וכשהכניסו המניחים את השיחה להגהה שאלו בפתק של מי היארצייט, והרבי הואיל לענות שזהו יארצייט סבתו (אם אמו) הרבנית רחל ינובסקי, ולא הזכיר שזהו עבור אחיו, אך מאז נקבע התאריך ככ"ה אלול.

החוקר החסידי ר' יוסף יצחק קמינצקי סיפר כי פגש בעד ראייה שהיה עד לטבח הגדול בבית הרפואה, והוא ציין כי הדבר היה בחורף

במאגר המרכזי של שמות קרבנות השואה של 'יד ושם' נרשם שר' דובער נרצח בל' בסיון תש"א, אך ייתכן ומדובר על רצח יהודי העיר עצמה, ולא על רצח היהודים בבית הרפואה שמחוץ לעיר.

בשנת 2010 מולא דף עד ביד ושם אחר ר' דובער הי"ד ובו צויין רק כי הוא נרצח בשנת 1944.