אביו של הרבי נאסר בגל מעצרים מתוכנן היטב. הנה התיעוד כפי שפירסם ר' שניאור זלמן ברגר בספר "המשפיע שלא חזר" – תולדות הרב אברהם ברוך פבזנר הי"ד.

גל המעצרים באוקראינה בשלהי חורף תרצ"ט, תוכנן בקפידה, וכל המהלכים בעת המעצר והחקירות היו בשליטה מליאה של ראשי הנ.ק.וו.ד. בברית המועצות בכלל ובאוקראינה בפרט.

ב- 21.2.39 -ב' אדר תרצ"ט, כשבועיים לפני תחילת גל המעצרים, שלח סגן מפקד הנ.ק.ו.ד. פדוטוב אל מר קובילוב סגן שר הפנים באוקראינה (הנ.ק.וו.ד. פעל תחת משרד הפנים) מכתב ובו עובדות לגבי פעילות של ארגוני מחתרת יהודיים דתיים המחוברים לשניאורסון, וגם לגבי ישיבות.

באור לי"ז אדר תרצ"ט החל גל המעצרים בחרקוב ובו נאסרו משפיע הקהילה הרב פבזנר, הרב מאיר גורקוב, הרב נחום יצחק פינסון, הרב צמח גורביץ והרב שמואל כצמן. לילה לאחר גל המעצרים בחרקוב, עמלו אנשי הנ.ק.וו.ד. לעצור כמה מחשובי חסידי חב"ד בעיר צ'רניגוב ובהם: רב העיר - הרב מנחם מענדל שניאורסאהן [דוד הרב לוי יצחק שניאורסאהן אבי הרבי], ואחיינו השו"ב הרב לוי יצחק שניאורסאהן [בן דוד של הרב לוי"צ שניאורסאהן אבי הרבי].

מספר ימים אחר כך התבצע גל מעצרים בקייב במהלכו נעצר רב העיר הרב אריה לייב קפלן (אביו של הרב מיילך קפלן, לימים רב שיכון חב"ד בלוד), כמה מחסידי חב"ד וראשי ותלמידי הארגון החב"די 'תפארת בחורים'. גל המעצרים באוקראינה נמשך ובט' ניסן, נעצר הגאון המקובל הרב לוי יצחק שניאורסאהן, אביו של הרבי.

ב16.4.39 כ"ז ניסן, בתום המעצרים. שיגר סגן שר הפנים של אוקראינה, מכתב ותוכנו:

• פעילות הסוכנים אצל הדתיים
• שמות אנשי מחתרת שנאסרו
• תיאור פעילות הרבנים מחוץ לברית המועצות, ומימון פעילותם.
• פירוט דבריהם של האסירים שסיפרו על תנועת חב"ד בעת חקירתם.
• הוראות לפעולה לאתר שמות ומקורות כספיים
• לזהות בתי ספר וישיבות
• לחקור את בני משפחת הצדיק שניאורסון שמוגדרים כלובביצ'ר.
• לגייס סוכנים מתוך התנועה.

בין השמות הנזכרים במסמך זה: אדמו"ר הריי"צ, עוד שניאורסונים, הרב פבזנר.

החסידים שנאסרו בגל המאסרים הזה, חלקם שרדו את התלאות בחקירות, מאסר וגלות, ובחסדי ה' שבו בשלום, אך היו מהם שלא שבו ונפטרו במאסר ובגלות ובהם: הרב לוי יצחק שניאורסאהן אביו של הרבי, בן דודו הרב לוי יצחק שניאורסאהן מצ'רניגוב, דודו הרב מנחם מענדל שניאורסאהן מצ'רניגוב, וגם הרב אברהם ברוך פבזנר והרב קפלן.